Nowa Sól, jako osada, pojawia się wkrótce po przejęciu przez dynastię Habsburgów władzy nad Śląskiem w XVI wieku. Powstanie osady wiązało się z odmiennym sposobem zaopatrywania Śląska w sól. Na terenie Dolnego Śląska, bogatego w różne kopaliny, nigdy nie było złóż soli. Próbowano wprawdzie uzyskiwać sól z nielicznych słonych źródeł, ale nie było to zajęcie opłacalne. Sprowadzano więc sól kopalną głównie z polskiej Wieliczki, lecz jej dostawy zależne były od stosunków politycznych z Polską.
Już ordynacja króla polskiego Zygmunta I Starego z 1511 roku spowodowała utrudnienia w dostawach soli na teren Śląska z polskich kopalni w Wieliczce i Bochni. Stopniowa utrata związków Śląska z Polską potęgowała problemy związane z zaopatrywaniem tej dzielnicy monarchii habsburskiej w ten podstawowy artykuł. Władze austriackie chcąc uniezależnić się od dostaw z Polski szukały rozwiązania palącego problemu dostaw i postanowiły sprowadzać sól z innych części Europy. Dlatego z przychylnością cesarza spotkał się plan gdańskiego przedsiębiorcy Antoniego Schmidta uruchomienia na Śląsku warzelni soli morskiej.
Surowiec miał być sprowadzany z wybrzeży Bretanii, gdzie od dawna zakładano sztuczne stawy, w których latem, po odparowaniu wody gromadzono sól morską. Sól miała być przywożona statkami do Szczecina, a następnie barkami do położnych nad Odrą warzelni. Warunkiem wydania przez cesarza zgody na uruchomienie warzelni było przystąpienie przez Schmidta do działań regulujących koryto Odry.
W 1553 roku, gdańszczanin otrzymał od cesarza Fryderyka I stosowne zezwolenia i przywileje. W zamian za nie został zobowiązany do rozpoczęcia w przeciągu dwóch lat produkcji soli, zorganizowania transportu surowca na Śląsk oraz uregulowania biegu rzeki. W celu realizacji tak wielkiego przedsięwzięcia pomysłodawca założył spółkę akcyjną, którą jednak rozwiązano w 1560 roku. Pierwsza warzelnia, którą założono w okolicy Milska zamknięta została na skutek sporu z właścicielem gruntu. W 1562 r. warzelnictwo objęto monopolem państwowym.
Nową warzelnię zbudowano w 1563 r., już na gruntach cesarskich nieopodal wsi Modrzyca. Dwa lata później powódź zniosła pierwsze drewniane budynki. Odbudowaną warzelnię zniszczył w 1572 r. huragan. Po tej klęsce zaczęto przywiązywać większą wagę do jakości stawianych budynków. Nowe obiekty stawiano w większości z cegły i kamienia.
Wybudowano, obok warzelni, okazały gmach urzędu solnego (późniejszy ratusz), tartak wodny, browar, karczmę oraz inne zabudowania gospodarcze i mieszkalne. Powstałą osadę nazwano początkowo „Przy Nowej Soli w Modrzycy” (niem. Zum Neuen Saltzen bei Moderitz), a następnie Nowa Sól (niem. Neusalz). Rozwinęła się ona w kwartale współczesnych ulic: Placu św. Floriana, ulicy Pocztowej, Placu Wyzwolenia i ulicy Moniuszki, która była wtedy głównym traktem osady. Już jednak pod koniec XVI w. poza tym terenem wybudowano kościół p. w św. Michała, ufundowany przez starostę solnego Daniela von Preussa. W XVII w. uruchomiono pocztę konną. Okazały zajazd pocztowy postawiono poza osadą, w miejscu zbiegu ulicy Zjednoczenia i Placu Wyzwolenia, tam też przeprowadzono krótszą drogę łączącą Nowe Miasteczko z Otyniem, która z czasem stała się główną arterią komunikacyjną osady.
